所谓的网站结构，其实是指两个方面，一个是物理结构，一个是链接结构。所谓物理结构，是指网站真实的文件目录存放的位置；而链接结构是指网站内部链接形成的结构。
物理结构
要了解物理结构，首先请看如下的几个网址：
http://www.taoketiande.com/index.html
http://www.taoketiande.com/A.html
http://www.taoketiande.com/B.html
从 URL中不难看出，网站的首页以及其他的一些页面，全部放在网站的根目录下，这叫扁平式结构，适合小型网站，把网站所有的文件都放在根目录下。但是如果是 大中型网站，由于网站页面太多，全部放在根目录下的话，不易于管理与维护。但这种结构也有自己的优势，在网站根目录下的网页权重比在更深的目录中要高一 点。
另外还有树形及认购，是指把网站文件按类别或者别的方案存入更深的文件中，总体类似树形结构，例如如下URL：
http://www.taoketiande.com/A/hzy.html
http://www.taoketiande.com/B/hzy1.html
http://www.taoketiande.com/C/hzy2.html
此类树形结构，可以很方面的看出网站页面之间的隶属关系，也较利于网站的维护与管理。
链接结构
链接结构指网站内页的链接之间所形成的网络图，例如下图：
H 是网站的首页，C1和C2是分类页面，P1和P2是C1下的两个页面，P3和P4是C2下的两个页面，通过观察，可以知道，首页H可以链接到C1与C2两 个分类页面，也能直接链接到P3页面（一般是需要推广的产品）。两个分类页面分别都能回链至首页，P1到P4也能直接链接回首页，分类页面互相之间也能链 接等等链接之间构成了一个网络图。
这种结构依据是网站的链接，物理链接则依据的是网站真实存在的文件，对搜索引擎来说链接结构则比较重要一些，搜索引擎模仿的是一个用户，一个用户肯定更关心自己在网站浏览中是否能够更方便的进入到自己喜欢的页面，而不是哪个页面的文件存放位置更好。